O Ambulatório Acadêmico Dra. Mércia Margotto fica localizado na Avenida Itajuípe com a Rua K, nº 3270, térreo, bairro Nova Itabuna, CEP - 45600-769, Itabuna – Ba. O ambulatório possui em suas dependências 10 salas de consultórios (medidas auxiliares de trabalho, interpretação de exames laboratoriais, exame obstétrico, exame ginecológico, acesso vascular periférico central, vias aéreas ventilação, puericultura, práticas de reanimação e cardiorrespiratório, semiologia de sinais vitais, procedimentos cirúrgicos e anestesia), 1 sala de espera, 1 recepção, 2 sanitários femininos, 1 sanitário masculino, 2 corredores para supervisão de consultórios com parede espelhada, 1 depósito para resíduos infectantes e recicláveis.